Relion三维重构失败可能的问题
在使用relion时,有可能会出现initial model 正常但是三维精修后一塌糊涂的情况,这时候如果你在三维精修时设置了对称性,那么这篇文章可能会解决你的问题。
一开始我发现自行编写.star来导入颗粒会引起这种情况,但后来发现这个现象可能更普遍些
以relion tutorial中使用的beta-galactosidase数据集为例
这是初始模型,一切正常
三维精修(D2对称)后,结构完全错误
如果你尝试不限制对称性(C1),能重构出正常的结构,那么可以继续看下去
当时这个问题困扰了我很久,于是请教了relion的开发者
问题在于,使用带有对称性限制三维精修时,要事先校准initial model的三维角度,使用以下命令(这个结构是D2对称,要根据实际改动):
relion_align_symmetry --i InitialModel/job015/run_it150_class001.mrc \--o InitialModel/job015/run_it150_class001_alignD2.mrc --sym D2
之后问题就解决了,这是正常精修结构,很漂亮
另外,回答我问题的biochem-fan (Takanori Nakane)是个很了不起的人,他作为第一作者在nature发表的'Single-particle cryo-EM at atomic resolution'是领域内里程碑作品,被nature评为2020年度十大发现,感兴趣的人可以多了解一下他,可以从他身上学习到很多东西
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