R语言【CoordinateCleaner】——cc_iucn()：移除或标记所提供自然范围之外的记录（基于每个物种）

Package CoordinateCleaner version 2.0-20

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Parameters

cc_iucn(
  x,
  range,
  lon = "decimallongitude",
  lat = "decimallatitude",
  species = "species",
  buffer = 0,
  value = "clean",
  verbose = TRUE
)

参数【x】：data.frame。包含地理坐标和物种名称。

参数【range】：参数【x】中物种的自然范围的 SpatialPolygonsDataFrame。必须包含按 species 命名的列。

参数【lon】：字符串。具有经度坐标的列。默认值 = “decimallongitude”。

参数【lat】：字符串。包含纬度坐标的列。默认值 = “decimallatitude”。

参数【species】：字符串。包含物种名称的列。默认值 = “species”。

参数【buffer】：数值的。每个物种范围周围的缓冲区，应从该范围将记录标记为有问题，以十进制度表示。默认值 = 0。

参数【value】：字符串。定义输出值。

参数【verbose】：逻辑。如果为 TRUE，则报告测试的名称和标记的记录数。

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Detail

注意：缓冲区半径以度为单位，因此不同纬度之间会略有不同。

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Value

根据参数【value】，包含测试认为正确的记录的 data.frame （“clean”） 或逻辑向量 （“flagged”），其中 TRUE = 测试通过，FALSE = 测试失败/可能有问题。默认值 = “clean”。

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Conclusion

cc_iucn()函数是CoordinateCleaner软件包中的一个特定函数，用于与国际自然保护联盟（IUCN）红色名录数据库进行交互。以下是对cc_iucn()函数的总结性介绍：

• cc_iucn()函数用于根据IUCN红色名录数据库中的物种分布信息验证和清理生物多样性数据集中的经纬度坐标。
• 该函数可以帮助用户确保数据集中的物种分布信息与IUCN红色名录数据库中的记录一致。
• 它可以检查数据集中的物种是否为IUCN红色名录中的濒危物种。
• cc_iucn()函数可以根据设定的阈值或筛选标准，将符合条件的物种数据保留下来，或者从数据集中删除不符合条件的物种。
• 该函数返回一个包含验证后数据集的对象，可以继续在其他函数中使用。

总之，cc_iucn()函数是CoordinateCleaner软件包中一个方便的函数，用于验证和清理生物多样性数据集中的经纬度坐标，并与IUCN红色名录数据库进行比较。这有助于用户确保数据集中的物种分布信息的准确性和一致性。

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Example

require(sp)

x <- data.frame(species = c("A", "B"),
decimallongitude = runif(100, -170, 170),
decimallatitude = runif(100, -80,80))

range_species_A <- Polygon(cbind(c(-45,-45,-60,-60,-45),c(-10,-25,-25,-10,-10)))
range_species_B <- Polygon(cbind(c(15,15,32,32,15),c(10,-10,-10,10,10)))
range_A <- Polygons(list(range_species_A), ID = c("A"))
range_B <- Polygons(list(range_species_B), ID = c("B"))
range <- SpatialPolygons(list(range_A, range_B))
df <- data.frame(species = c("A", "B"), row.names = c("A", "B"))
range <- SpatialPolygonsDataFrame(range, data = as.data.frame(df))

cc_iucn(x = x, range = range, buffer = 10)