什么是基因表达谱分析及其相关概念

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相关概念

1. 转录本

  转录本（transcript）是指在基因表达中产生的RNA分子。基因是DNA上的一段特定序列，通过基因表达，该DNA序列的信息被转录为RNA。转录本是这个转录过程的产物，是RNA的一种形式。

有两种主要类型的转录本：

  • mRNA（信使RNA）： mRNA是最常见的转录本类型，它包含了编码蛋白质的信息。在真核生物中，mRNA由转录过程产生，并带有一系列的外显子和内含子。经过剪接过程，内含子被剪切出去，而外显子被保留，形成成熟的mRNA分子。mRNA离开细胞核，进入细胞质，被翻译为蛋白质。

  • 非编码RNA（ncRNA）： 与mRNA不同，非编码RNA并不编码蛋白质，而在细胞中担任其他功能。这包括多种类型，如：
    rRNA（核糖体RNA）： 参与构建细胞核糖体的RNA。
    tRNA（转运RNA）： 在蛋白质合成中传递氨基酸到正在合成的蛋白质链上。
    miRNA（微小RNA）： 调控基因表达的小RNA分子。
    lncRNA（长链非编码RNA）： 具有多种功能，包括调控基因表达和细胞过程。
    总体而言，转录本是基因表达的产物，代表了特定基因的RNA副本，可以用于传递遗传信息（mRNA）或执行多种细胞功能（非编码RNA）。

2. 什么是L1000技术

  L1000 技术是整合网络细胞印记库项目(Library of Integrated Network Based Cellular Signatures， LINCS)中使用的低成本基因表达谱测定技术。其考虑基因表达之间的相关性，将需要测量的基因目大幅减小，从而达到控制成本的目的．L1000 技术是挑选 978 个标志基因进行测量，进一步通过构建模型外推出其他基因的表达量。实验数据表明这些标志基因的表达可以代表全基因组 80%的信息。虽然存在一定误差，但是该技术可以将成本缩减到全基因组基因芯片成本的 1%，使得测量大规模基因表达谱得以实现．